똘똘한 한 채의 장기보유특별공제와 소득세법 시행령

박남석세무사
2026/01/11

안녕하세요? 2026년 경제성장전략 보도자료를 살펴보면 세제혁신 방안으로 비과세 정비가 제시되어 있습니다.

똘똘한 1채인 1세대 1주택 고가주택에 대한 계산구조를 살펴보면 총양도차익에서 비과세양도차익을 차감하여 과세양도차익을 계산하고 여기에 장기보유특별공제율을 곱하여 양도소득금액을 계산하게 되어 있습니다.

거주기간이 2년 이상인 똘똘한 1채는 장기보유특별공제율 표2를 적용합니다.

보유기간 및 거주기간이 10년 이상인 경우 과세양도차익에 80%의 장기보유특별공제율을 적용합니다.

그런데 장기보유특별공제율에 대한 규정은 소득세법 95조에 규정되어 있으나 장기보유특별공제율 표2의 적용대상인 똘똘한 한 채에 대한 규정은 소득세법 시행령 159조의4에 규정되어 있습니다.

법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서 및 같은 조 제5항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 각각 1세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다) 현재 국내에 1주택(제155조·제155조의2·제156조의2·제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다.

 시행령이란 대통령령으로 국회에서 제정하는 법률이 아닙니다. 그 말은 대통령령으로 똘똘한 한 채의 장기보유특별공제율 표2의 적용대상인 1세대 1주택의 범위를 개정할 수 있다는 뜻입니다.

현재는 거주기간이 2년 이상인 1세대 1주택입니다. 요건이 개정된다면 강화되는 방향으로 개정이 될 것으로 예상되는데 강화되는 요건에 양도가액 또는 양도차익이 일정금액 이상인 경우는 표2의 공제율을 적용하지 않고 표1의 공제율을 적용하도록 하는 규정이 추가될까요? 향후 상황을 지켜보아야할 것 같습니다.


(양도세계산구조)

양도가액

· 부동산 등의 양도당시 실지거래가액

(-) 필요경비

① 취득가액(매입가격 + 매입부대비용)

② 자본적지출액 등

③ 양도비

(=) 양도차익

· 양도가액 - 필요경비

(-) 비과세양도차익

· 고가주택인 경우: 양도차익 × (12억원 ÷ 양도가액)

(=) 과세양도차익

· 고가주택인 경우: 양도차익 × [(양도가액 – 12억원) ÷ 양도가액] 

· 양도차익 - 비과세양도차익

(-) 장기보유특별공제액

· 과세양도차익 × 장기보유특별공제율 

· 일반공제율[표1]: 토지·건물로서 3년 이상 보유

· 특례공제율[표2]: 1세대 1주택으로서 3년 이상 보유 + 2년 이상 거주 

(=) 양도소득금액

· 양도차익 - 장기보유특별공제액

(-) 기본공제

· 250만원

(=) 과세표준

· 양도소득금액 - 기본공제

(×) 세율

· 기본세율, 중과세율, 단기양도세율, 미등기양도세율

(=) 산출세액

· 과세표준 × 세율

(-) 감면세액

· 조세특례제한법상 감면세액

(=) 결정세액

· 산출세액 - 감면세액

(+) 가산세

· 무(과소)신고가산세

· 납부지연가산세

(=) 납부할 세액

· 결정세액 + 가산세


(장기보유특별공제율 표2)

보유기간

공제율

거주기간

공제율

2년

8%

3년

12%

3년

12%

4년

16%

4년

16%

5년

20%

5년

20%

6년

24%

6년

24%

7년

28%

7년

28%

8년

32%

8년

32%

9년

36%

9년

36%

10년

40%

10년

40%


(장기보유특별공제율 표1)

보유기간

공제율

3년

6%

4년

8%

5년

10%

6년

12%

7년

14%

8년

16%

9년

18%

10년

20%

11년

22%

12년

24%

13년

26%

14년

28%

15년

30%


위와 관련된 세법의 내용은 2026년 2월 초에 출판 예정인 박남석세무사의 2026 부동산세금의 생각지도에서 만나보실 수 있습니다.

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